Algunas enzimas no requieren para su actividad más grupos químicos que sus residuos aminoácidos. Otras requieren un componente químico adicional llamado "cofactor". El cofactor puede ser uno o varios iones inorgánicos tales como: Fe2+, Mg2+, Mn2+, o Zn2+; o una molécula orgánica compleja denominada "coenzima". Las coenzimas actúan como transportadores transitorios de grupos funcionales específicos.
Las enzimas se clasifican según las reacciones que catalizan:
- Oxidoreductasas: transferencia de electrones (iones hidruros o átomos de H).
- Transferasas: reacciones de transferencias de grupos.
- Hidrolasas: reacciones de hidrólisis (transferencia de grupos funcionales al agua).
- Liasas: adición de grupos a dobles enlaces, o formación de dobles enlaces por eliminación de grupos.
- Isomerasas: transferencia de grupos dentro de moléculas dando formas isoméricas.
- Ligasas: formación de enlaces C - C, C - S, C - O y C - N mediante reacciones de condensación acopladas a la rotura de ATP.